In den ersten 25 Jahren ist die Flora das Erste Haus am Platze für Feiern, Bälle und Veranstaltungen aller Art. Durch Eintrittsgelder, Abonnements und die Gastronomie sowie mehrere gärtnerische Betriebszweige werden der Aktiengesellschaft kontinuierlich gute Gewinne beschert.  

Eine Sensation - Das Flora-Aquarium 

Eine Sensation ist 1869 die Eröffnung des Aquariums in den Kellerräumen des Glaspalastes. Es ist eines der ganz wenigen Schauaquarien Europas. Als Tuffsteinhöhle gestaltet, üben die 28 Süß- und Seewasseraquarien auf die Zeitgenossen einen magischen Reiz aus.

Die Internationalen Gartenbau-Ausstellungen 

Zentrale Ereignisse sind drei große Ausstellungen in den Jahren 1865, 1875 und 1888, die dem Garten mehrere Gewächshäuser an der Nordseite hinterlassen. 

Die Orangerie

Als wichtigstes Bauwerk fällt der FLORA nach Beendigung der Internationalen Landwirtschafts-Ausstellung 1865 die langgestreckte Orangerie zu, die westlich des Wintergartens parallel zu diesem liegt. In der kalten Jahreszeit werden hier die Neuholländischen Gewächse aus Australien und andere Kübelpflanzen überwintert; im Sommer finden Blumenschauen statt.

Kaisersaal und Tropfsteingrotte 

Unmittelbar nach dem Deutsch-Französischen Krieg werden einige Bauten vollendet, deren Fertigstellung sich durch die kriegerischen Auseinandersetzungen verzögert hatte. Von besonderem Rang ist ein vierteiliger im neoklassizistischen Stil erbauter Verbindungstrakt zwischen Wintergarten und Orangerie. Vom Wintergarten kommend steigt man im Inneren über eine Felsentreppe, deren Wände als „prächtige Tropfsteingrotte" gestaltet sind hinab. Man erreicht einen von zwei glasgedeckten Seitentrakten, die die sogenannte Aula flankieren und Baumfarne,  Palmen und andere tropische Gewächse beherbergen. Sie dient unter dem Namen Kaisersaal als mit Plüsch und Kristall „kostbar ausgestatteter und decorirter" Empfangsraum. Das jetzige Gebäudeensemble umschließt dreiseitig den neuen „Friedensgarten“, dessen Mittelpunkt eine von Kaiserin Augusta gestiftete Kolossalvase ziert.  

Die Glashäuser an der Nordseite 

Von den an der Nordseite vorgesehenen Gewächshäusern wird im Jahre 1866 als erstes das Warme Schauhaus vollendet. 1875 erhält die Flora durch die für die Ausstellung erbaute Gewächshausreihe an der Nordgrenze das Gesicht, das dem Lenné'schen Entwurf am nächsten kommt. Eine der Hauptattraktionen der nächsten Jahrzehnte ist das achteckige Victoria-Haus. Es beherbergt neben anderen seltenen Nymphaeen (Seerosen) und tropischen Sumpfpflanzen, die namensgebende Victoria amazonica als „Königin der Wasserpflanzen" mit ihren riesigen Schwimmblättern und herrlichen Blüten. Das flache Gebäude ist Dreh- und Angelpunkt zwischen der Orangerie und dem schon bestehenden Warmhaus, an welches das Schott'sche Haus, ein Kalthaus nach damals neuestem technischen Stand, anschließt. Den Mittelpunkt der Reihe von Gewächshäusern bildet das Palmenhaus, ein „höchst eleganter Bau, dessen Bogendach von einem gekuppelten Aufsatz überragt ist." Das Bruns'sche Kalthaus schließt die Reihe der Glashäuser im Westen ab.

Botanische Kostbarkeiten 

Durch die neuen Glashäuser ist eine 200 Meter (mit Wintergarten und Orangerie sogar 300 Meter) lange, zum großen Teil glasgedeckte Anlage entstanden. In deren Verlauf sind alle exotischen Kostbarkeiten wie Palmen, Kakteen, Orchideen und Seerosen zu besichtigen oder wie es ein sicherlich noch vom Deutsch-Französischen Krieg beeinflusster Zeitgenosse formuliert „Die Elitetruppen des Gartens kaserniert".

Prosperität und Niedergang 

Mit allseits beliebtem Programm aus Sommerfesten, Konzerten, Illumination, Feuerwerk und, als gelegentlichen Höhepunkten, Besuchen der Mitglieder des Kaiserhauses, zieht die Flora lange Zeit das Publikum an. Um 1890 endet eine Ära von Glanz und Blüte. Die Konkurrenz zahlreicher neuer Lokale führt dazu, dass die jetzt etwas „verstaubte“ Flora 1890 erstmals und dann fast jährlich Rote Zahlen schreibt.